慈寿太后获加尊号时，朝廷下诏布告天下。彭时想趁机请英宗推恩天下，李贤说一年之内不宜两次大赦。彭时说：“不是要大赦，应该行优待老人的制度。朝臣的父母，七十岁以上的应给诰敕，百姓八十岁以上的当给冠带。这才是‘老吾老以及人之老’。”李贤听后极为赞赏，立即上奏颁行实施。</p>
英宗喜欢彭时的胸襟风度，选取庶吉士时，命令李贤全部任用北方人，南方人一定要像彭时那样，才可任用。李贤对彭时说起这事。不久宦官牛玉宣读圣旨，彭时对牛玉说：“南方之士出于彭时之上的人不少，怎能压制他们入朝仕官？”过后，选了十五人，南方人有六个在其中。锦衣卫指挥使门达陷害李贤时，英宗受到门达蛊惑，说：“罢免李贤，那只能专用彭时了。”有人传出这句话，彭时大为吃惊，说：“李公有经世济国之才，怎可罢去？”极力为其申辩，并放言：“如果李贤被罢去，彭时亦不能独留。”英宗听到这话，对李贤的怒意才稍稍消解。河南有一位卫官言直性爽且颇为强横，有人诬陷他预备谋反。彭时进言解救，卫官得以被从轻处置。</p>
天顺八年（1464）正月，英宗病危，口述遗诏，包括确定后宫嫔妃的名份、不用嫔御殉葬等四件大事，交给阁臣加工润色。彭时读完后，涕泪流下，抑制不住悲怆之情。宦官回来复命后，英宗也为之流涕痛哭。</p>
天顺八年（1464）二月，明宪宗朱见深即位，彭时拟好两宫太后的尊号上呈。宦官夏时希求周氏的旨意，说英宗原配钱皇后久病，不当称皇太后，而周氏乃宪宗生母，应该独上尊号。李贤说：“遗诏已经做了规定，何用多言？”彭时说：“李公的话很对。朝廷所以能够信服天下，就在于正纲常、确伦理。如果不这样，损害圣德不小。”过了一会儿，夏时又传出周氏的旨意说：“子为皇帝，母应为皇太后，岂能没有儿子而称皇太后的？宣德年间就惯例如此。李贤脸色都变了，看着彭时，冀他发言。彭时说：“今日之事与宣德年间完全不同。胡皇后上表让位，退居别宫，所以在正统初年没有给她追加尊号。现在名分固在，怎能相比？”夏时说：“如此你们何不起草让位的表文？”彭时说：“先帝在世时没有实行，现在谁敢起草让位表文？如果做人臣的曲意顺从，那将是万世罪人。”夏时厉声警告彭时。彭时拱手向天说道：“太祖、太宗神灵在上，谁敢有二心？钱氏无子，臣能谋到什么利益而为她争取？臣所以不忍沉默，不过是想保全皇上的圣德而已。如果皇上推及大孝之心，则两宫并尊太后为宜。”李贤也极力赞成彭时的建议，这个意见才被定下。到上宝册时，彭时说：“两宫同称太后则没有分别，钱太后宜加两个字，以便称呼。”于是尊她为慈懿皇太后，周贵妃为皇太后。过了几天，宦官覃包到内阁说：“皇上的意思本也是这样，但迫于太后，不敢做主，如果不是二公力争，几乎误了皇朝大事。”之前，阁臣陈文沉默不语，听了覃包的话后，颇感惭愧。礼成之后，彭时升为吏部右侍郎兼翰林院学士。</p>
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同年，宪宗命孙继宗为监修官，彭时与李贤、陈文担任总裁官，参与编修《明英宗实录》。</p>
成化元年（1465），彭时升任兵部尚书，仍兼学士之职。</p>
成化二年（1466）秋，彭时请求回家省亲，至成化三年（1467）二月，宪宗下诏催他回朝。六月，彭时借四川、宣府、辽东发生地震之机，上疏陈奏六事，都与时政相关。八月，《明英宗实录》修成，彭时被加封为太子少保，兼文渊阁大学士。</p>
成化四年（1468）四月，内阁首辅陈文去世，彭时接任首辅。同年六月，钱太后去世，周太后不愿钱太后与明英宗合葬。宪宗命太监夏时与怀恩召集辅臣，商议钱太后的丧葬事宜。彭时首先进言：“钱太后与先帝合葬裕陵，神主祔入太庙，这是先帝的遗愿，早已定了的事，还有什么可议？”魏元、康允韶、张公等人支持彭时。</p>
次日，宪宗再召彭时等重议此事，彭时仍坚持前议。宪宗说：“朕难道不知道你说的这些吗？朕只是担心钱太后一旦入葬，就会使母后（周太后）难与先帝合葬裕陵。”彭时回答：“皇上对两宫太后都非常孝顺，圣德广为传闻。合乎礼仪，便能成全孝义之名。”内阁重臣商辂及大学士刘定之也相继劝说宪宗。宪宗说：“连母亲的命令都不听了，还能算孝顺儿子吗？”彭时向宪宗建议：“可以将钱太后葬于先帝之左，虚右位以待周太后将来。”</p>
彭时与商辂、刘定之后来又联名上疏说：“太后作配先帝，正位中宫，陛下尊她为太后，下诏宣示天下。先帝全夫妇之伦，陛下尽母子之爱，都得大义。现在太后梓宫应当合葬裕陵，她的神主应当附祭太庙，这是无可更改之礼。近来听说要另择圣地埋葬太后，臣等实是心怀疑惧。我们私下以为陛下之所以迟疑，是因为考虑到当今皇太后万寿之后，应当与先帝同尊，因此担心二后并配先帝，不合祖宗规制。但考之古代，汉文帝尊生母薄太后，而吕后仍附祭长陵。宋仁宗追尊生母李宸妃，而刘后仍附祭太庙。现在如果陵庙规制稍有不合适，则会有背前人之美，受后人讥笑。”礼部尚书姚夔等九十九位廷臣也同意钱太后与英宗合葬。宪宗仍担心违背周太后的意志，此后更发出为钱太后另择葬地的谕旨。姚夔等两百余名朝臣一起伏在文华门哭请，宪宗下令群臣止哭退去，群臣叩头拒命，声言：“不得钱太后与英宗合葬旨意，绝不敢退下。”群臣自巳时（上午九点至十一点）跪至申时（下午三点至五点）。宪宗与周太后无可奈何，这才听从了彭时等人的积极建议。</p>